\RequirePackage{color}
%\documentclass[pstcol,pdf,baltica,slideColor,colorBG,gyom]{prosper}
\documentclass[pstcol,pdf,baltica,slideColor,colorBG,thomasd]{prosper}
%\documentclass[pstcol,pdf,baltica,slideColor,colorBG,azure]{prosper}
\usepackage{pstricks,pst-node,pst-text,pst-3d}
\usepackage{graphics}
\usepackage{amsmath, amssymb, amsfonts}
\usepackage{multirow}
\usepackage{slashbox}
\usepackage{fancyheadings}
\usepackage{multicol}
\usepackage{colortbl}

\usepackage{ascmac}
\usepackage{latexsym}
\usepackage{fancybox}
\usepackage[ps2pdf]{hyperref}


%% BibTeX 記号定義
\def\BibTeX{{\rm B\kern-.05em{\sc i\kern-.025em b}\kern-.08em
    T\kern-.1667em\lower.7ex\hbox{E}\kern-.125emX}}

%% Bibtex 参考文献 to Reference. (英語の時は下のコメントを外す)
\renewcommand{\refname}{}

%%\renewcommand{\scriptsize}{\@setfontsize\scriptsize{\@vipt}{2\@Q}}
\renewcommand\scriptsize{\@setfontsize\scriptsize\@viiipt{1}}

\renewcommand{\kanjifamilydefault}{gt}
\DefaultTransition{Split}

\newcommand{\bibfont}{\scriptsize}

\title{
\includegraphics[width=2em]{Rlogo.eps}
によるDDBJのアクセス方法}
\subtitle{- 2007-06-18 -}
\author{Ei-ji Nakama}
\email{nakama at com-one.com}
\institution{COM-ONE Ltd.}

\begin{document}
\bf\mathversion{bold}\maketitle
%%\bibliographystyle{junsrt}
\bibliographystyle{plain}

%% ========================== Sweave setting
%% 色分け
\DefineVerbatimEnvironment{Sinput}{Verbatim}{
  formatcom={\color{black}},
  frame=none
}
\DefineVerbatimEnvironment{Scode}{Verbatim}{
  formatcom={\color{glay}},
  frame=none
}
\DefineVerbatimEnvironment{Soutput}{Verbatim}{
  fontshape=sl,
  formatcom={\color{red}},
  frame=none
}
%% 行詰め
\fvset{listparameters={\setlength{\topsep}{0pt}}}


%% ========================= 初期化start ===================
<<init,echo=F,eval=T>>=
options(width=60)
options(max.print=5)
# 長い文字列の抑止
print<-function(x){
  base::print(substring(x,1,getOption("width")))
}
# BiBTeX
myBibtex<-function(pkg){
    if (missing(pkg)){
       name <- "R"
       cita <- citation()
    }else{
       name <- pkg
       cita <- citation(name)
    }
    bib<-gsub("^@([0-9A-z]+)\\{,",
              paste("@\\1{",name,",",sep=""),
              unlist(toBibtex(cita)))
    bib
}
con<-file("RdeDDBJ2.bib",open="wt")
writeLines(myBibtex(),con)
writeLines(myBibtex("XML"),con)
writeLines(myBibtex("RCurl"),con)
writeLines(myBibtex("SSOAP"),con)
writeLines(myBibtex("Biobase"),con)
close(con)

@ 
%% ========================= 初期化end ===================

\begin{slide}[Wipe]{RとXML}
 \begin{itemize}
  \item R\cite{R}でXMLを扱うにはXML\cite{XML}パッケージを利用します.
  \item RのXML\cite{XML}パッケージはlibxml(\url{http://xmlsoft.org/})を使います.
  \item RのXMLの利用例は少ないですが, libxmlの利用例が参考になります.
  \item XML-1.9.0以降ではencodingもサポートしました.
  \item Omegahat\footnote{\url{http://www.omegahat.org/}}にありましたが,現在はCRANにも登録されています.
 \end{itemize}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとXML 例-1}
\scriptsize{
<<XML1,echo=TRUE,keep.source=TRUE,eps=FALSE,pdf=FALSE>>=
library(XML)
f <- system.file("exampleData", "mathmlMatrix.xml",
                 package = "XML")
doc <- xmlTreeParse(f,useInternalNodes=T)
# 内部形式はXPATHが使えます
unlist(xpathApply(doc,"//*",xmlName))
sapply(getNodeSet(doc, "/mrow/reln/apply/vector"),
       saveXML)
free(doc)
@ 
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとXML 例-2}
\scriptsize{
<<XML2,echo=TRUE,keep.source=TRUE,eps=FALSE,pdf=FALSE>>=
f <- system.file("exampleData", "mathmlMatrix.xml",
                 package = "XML")
doc <- xmlTreeParse(f,useInternalNodes=T)
# XPATHでの値の取りだし
path <- "/mrow/reln/apply/matrix/matrixrow/cn"
unlist(xpathApply(doc, path, xmlValue))
free(doc)
@ 
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとXML 例-3}
\scriptsize{
<<XML3,echo=TRUE,keep.source=TRUE,eps=FALSE,pdf=FALSE>>=
doc<-xmlTreeParse(f,useInternalNodes=T)
# 内部形式をXMLに戻します
sapply(getNodeSet(doc, "/"), saveXML)
free(doc)
@
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとXML 例-4}
\scriptsize{
<<XML4,echo=TRUE,keep.source=TRUE,eps=FALSE,pdf=FALSE>>=
doc <- xmlTreeParse(system.file("exampleData", "mtcars.xml",
                                package="XML"))
# 内部形式では無い場合
names(xmlRoot(doc))
r <- xmlRoot(doc)
r[names(r) == "variables"]
@
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとHTTP}
 \begin{itemize}
  \item RのRCurl\cite{RCurl}パッケージはlibcurl(\url{http://curl.haxx.se/})を使います.
  \item RCurl\cite{RCurl}は標準のsocketモジュールが対応していないSSL等も扱えます.
  \item XML\cite{XML}やSSOAP\cite{SSOAP}と連携して高度なHTTP通信も行えます.
  \item RCurl\cite{RCurl}はOmegahatから,BioConductor\cite{Biobase}のExtraに供給されています.
 \end{itemize}
\end{slide}

\begin{slide}[Wipe]{RとHTTP PROXY設定}
RでPROXYを設定する場合はモジュール毎に対応が必要です.
<<proxyoverview,echo=FALSE,fig=TRUE,width=6,height=4,eps=TRUE,pdf=FALSE>>=
library(grid)
## TOP
grid.newpage()

vp <- viewport(x=0.5,y=0.5,width=1, height=1)

pushViewport(vp)
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.9,.9,.9)))
grid.text("R PROXY 概要図", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

pushViewport(viewport(x=.175, y=.48,width=0.3, height=0.85, name="Windows"))
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.9,.6,.5)))
grid.text("internet2", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("(Windows)", y=unit(1, "npc") - unit(2, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

pushViewport(viewport(x=.5, y=.48,width=0.3, height=0.85, name="other"))
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.9,.6,.5)))
grid.text("socket module", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("(標準＆共通)", y=unit(1, "npc") - unit(2, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

pushViewport(viewport(x=.825, y=.48,width=0.3, height=0.85, name="RCurl"))
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.9,.6,.5)))
grid.text("RCurl", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("(libcurl)", y=unit(1, "npc") - unit(2, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

pushViewport(viewport(x=.175, y=.4,width=0.28, height=0.64, name="Windows"))
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.6,.6,.8)))
grid.text("IEのPROXY設定を ", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("        引き継ぐ", y=unit(1, "npc") - unit(2, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("(起動オプション ", y=unit(1, "npc") - unit(3, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("  ‐‐internet2)", y=unit(1, "npc") - unit(4, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

pushViewport(viewport(x=.5, y=.4,width=0.28, height=0.64, name="other"))
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.6,.6,.8)))
grid.text(" 環境変数  ", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("HTTP＿PROXY", y=unit(1, "npc") - unit(2, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("   又は    ", y=unit(1, "npc") - unit(3, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("http＿proxy", y=unit(1, "npc") - unit(4, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

pushViewport(viewport(x=.825, y=.4,width=0.28, height=0.64, name="RCurl"))
grid.rect(gp=gpar(col=0,fill=rgb(.6,.6,.8)))
grid.text(" 環境変数  ", y=unit(1, "npc") - unit(1, "lines"), gp=gpar(col="black"))
grid.text("http＿proxy", y=unit(1, "npc") - unit(2, "lines"), gp=gpar(col="black"))
popViewport()

popViewport(0)
@
\\
例えば、http\_proxy=http://prs.ism.ac.jp:3128/
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとSOAP}
 \begin{itemize}
  \item R\cite{R}でSOAPを扱うにはSSOAP\cite{SSOAP}パッケージを利用します.
  \item SSOAP\cite{SSOAP}はXML\cite{XML}とRCurl\cite{RCurl}を必要とします.
  \item SSOAP\cite{SSOAP}もOmegahatから, BioConductor\cite{Biobase} 
	のExtraに供給されています.
 \end{itemize}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとDDBJ}
 R\cite{R}でDDBJにアクセスするには,今までにあげた,XML\cite{XML}
 , RCurl\cite{RCurl},SSOAP\cite{SSOAP}が必要です. \\
DDBJのチュートリアル\footnote{\url{http://www.xml.nig.ac.jp/tutorial/index_jp.html}}
 \cite{tutorial}
 に倣って, R版を作成しました.
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとDDBJ - エントリーの取得1}
\scriptsize{
<<ex1,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# 1. SSOAP のロード
library(SSOAP)
# 2. WSDLの指定
url <- "http://xml.nig.ac.jp/wsdl/GetEntry.wsdl"
GetEntry <- processWSDL (url)
iface <- genSOAPClientInterface(def = GetEntry)
# 3. WEBサービスの呼び出し
result<-iface@functions$getXML_DDBJEntry("AB000003")
# 4. 視覚的な確認
xmlRoot(xmlTreeParse(result))
@
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{RとDDBJ - エントリーの取得2}
\scriptsize{
<<ex2,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# ※前の頁の1-2は実行済み
# 3. アクセッション番号AB000002-AB000005を一度の実行で取得
acsession <- c("AB000002","AB000003","AB000004","AB000005")
# 4. WEBサービスの呼び出し
result <- sapply(acsession,
                 iface@functions$getFASTA_DDBJEntry)
# 5. 視覚的な確認
print(result)
@
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{SRSとGetEntry、Blast連携1}
キーワードとして `prion', Human Division, Molecule`mRNA'を指定します.
\scriptsize{
<<srs1,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# SSOAP のロード
library(SSOAP)
# WSDLの指定
SRS <- processWSDL("http://xml.nig.ac.jp/wsdl/SRS.wsdl")
SRSiface<-genSOAPClientInterface(def=SRS)
# WEBサービスの呼び出し (条件 & は &amp; にすること)
result<-SRSiface@functions$searchSimple(
        "[ddbj-AllText:prion*] &amp;
         [ddbj-Division:hum]   &amp; [ddbj-Molecule:mrna]")
print(result)
@
}
\end{slide}

\begin{slide}[Wipe]{SRSとGetEntry、Blast連携2}
その結果からコーディング領域のアミノ酸配列を抜き出します(GetEntry).
\scriptsize{
<<srs2,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# 検索結果を改行で分割し, 配列に格納
id <- unlist(strsplit(result,"\n"))
url <- "http://xml.nig.ac.jp/wsdl/GetEntry.wsdl"
getentry<-genSOAPClientInterface(def = processWSDL(url))
# アクセッションNo(substringでDDBJ:をサプレス)
# sapplyでアクセッションNoを引数にして
# DADエントリーをFASTA形式で取得
result<-sapply(substring(id,6),
               getentry@functions$getFASTA_DADEntry)
print(result)
@
}
\end{slide}

\begin{slide}[Wipe]{SRSとGetEntry、Blast連携3}
相同性検索の一つである Blastp を 比較対象 Swiss-plot のデータベースに指定して実行
\scriptsize{
<<srs3,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
blastiface<-genSOAPClientInterface(def=processWSDL(
                   "http://xml.nig.ac.jp/wsdl/Blast.wsdl"))
# blastサービスを呼び出す
result<-blastiface@functions$searchParam("blastp",
                                         "SWISS",
                                         unlist(result),
                                         "-m 8")
print(result)
@
}
\end{slide}

\begin{slide}[Wipe]{SRSとGetEntry、Blast連携4}
取得したデータを加工する
\scriptsize{
<<srs4,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# 結果を改行コードで分割する
blastline<-unlist(strsplit(result,"\n"))
print(blastline[1:3]) # 多いので三つだけ表示
# IDを抜き出す
id <- as.vector(sapply(blastline,function(x){
  unlist(strsplit(x,"\\|"))[5]
}))
print(id)
@
}
\end{slide}

\begin{slide}[Wipe]{SRSとGetEntry、Blast連携5}
アノテーションをGetEntryで取得し, アクセッション番号, プロテインID, 
Swiss-Prot ID, プロテインシンボル, プロテインの定義 を表示する.

\scriptsize{
<<srs5,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# IDからGetUNIPROTEntry取得
entry<-sapply(id, getentry@functions$getUNIPROTEntry)
# 空白を圧縮
entry<-gsub("\\s{2,}"," ",entry)
# 改行で分割
entry<-strsplit(entry,"\n")
print(entry)
@
}
\end{slide}

\begin{slide}[Wipe]{SRSとGetEntry、Blast連携6}
取得データの編集
\scriptsize{
<<srs6,echo=T,eval=T,keep.source=T>>=
# IDの編集
ID<-sapply(entry, function(x)
        paste(substring(x[grep("^ID",x)],4),collapse=" "))
# DEの編集
DE<-sapply(entry, function(x)
         paste(substring(x[grep("^DE",x)],4),collapse=" "))
ENTRY<-cbind(ID,DE)
print(ENTRY)
@
}
\end{slide}


\begin{slide}[Wipe]{参考文献}
\tiny{
 \bibliography{RdeDDBJ2,DDBJ}
}
\end{slide}

\end{document}