BioConductor tutorial

はじめに

このチュートリアル用に, 比較的安定的なパッケージを収拾及び調査の結果, R-2.4.1を選びました.
R-2.5.1が出る頃にはR-2.5系も安定するかと思いますが, 現状安定しているR-2.4.1の方が前もって準備も可能ですので, R-2.4.1をベースに, BioConductor-1.9のパッケージを選抜したインストーラを作成しました. Rは様々なOSで動作しますが, 全てのOSでのパッケージングは困難ですので Windows版限定と致しました.

R-2.4.1pat + BioConductor1.9 パックのインストール

http://prs.ism.ac.jp/%7Enakama/BioC1.9/ の中から, R-2.4.1pat_BioC1.9-win32.exe(サイズは199MB)をダウンロードします. ダウンロード後, 実行すれば以下のパッケージをインストール済みの状態になります.
これによってインストールされるパッケージは AnnBuilder Biobase Biostrings DNAcopy DynDoc GLAD GO Icens KEGG MLInterfaces MeasurementError.cor PROcess RBGL RColorBrewer RCurl ROC RSQLite RbcBook1 Rdbi Rgraphviz Ruuid SNAData SSOAP SparseM SpikeInSubset XML aCGH affy affyPLM affyQCReport affydata affyio affylmGUI amap annaffy annotate apComplex aws convert ctc daMA e1071 edd factDesign gcrma genefilter geneplotter globaltest golubEsets gpls graph hexbin hgu95av2 hgu95av2cdf kidpack limma limmaGUI makecdfenv marray matchprobes multtest ontoTools pamr qvalue siggenes simpleaffy sma splicegear statmod tkWidgets tkrplot vsn webbioc widgetTools xtable です.

御自分でCRANのミラーからインストールされる場合

以下はBioConductor-2.0でのインストール手順になります.

R-2.5.0pat-win32.exeのダウンロード.
ダウンロードしたR-2.5.0pat-win32.exeを実行
options(repos)の設定

options(repos=c(CRAN="http://prs.ism.ac.jp/",
                CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin",
                Omegahat="http://prs.ism.ac.jp/omegahat/R",
                BioCsoft="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/bioc",
                BioCann="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/data/annotation",
                BioCexp="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/data/experiment",
                BioCextra="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/extra/"))

インストールパッケージのリスト入力

list <- c("SSOAP", "genefilter", "SpikeInSubset", "RbcBook1", "MLInterfaces",
          "e1071", "sma", "multtest", "kidpack", "xtable", "widgetTools",
	  "webbioc", "vsn", "tkWidgets", "statmod", "splicegear", "simpleaffy",
	  "siggenes", "qvalue", "pamr", "ontoTools", "matchprobes", "marray",
	  "makecdfenv", "hgu95av2", "hexbin", "graph", "gpls", "golubEsets",
	  "globaltest", "geneplotter", "factDesign", "gcrma", "edd", "ctc",
	  "daMA", "aws", "convert", "apComplex", "annaffy", "amap", "affylmGUI",
	  "affyio", "affydata", "affyQCReport", "affyPLM", "affy", "aCGH",
	  "SparseM", "SNAData", "Ruuid", "Rgraphviz", "Rdbi", "ROC", "RCurl",
	  "RColorBrewer", "RBGL", "PROcess", "GLAD", "AnnBuilder", "limmaGUI",
	  "MeasurementError.cor", "Icens", "RSQLite", "XML", "DNAcopy",
	  "tkrplot", "hgu95av2cdf", "limma", "DynDoc", "Biostrings", "Biobase",
	  "annotate", "KEGG", "GO")

パッケージのインストール

install.packages(list)

言語に関する設定(オプション)

etc/Rconsole # コンソールフォント: 19:font = MS Gothic
etc/Rdevga # Windowsグラフィックフォント: 12:TT MS Gothic : plain
13:TT MS Gothic : bold
14:TT MS Gothic : italic
15:TT MS Gothic : bold&italic
etc/Rprofile.site # PostScript/PDF フォント: 12:setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
13: function(...) grDevices::ps.options(family="Japan1GothicBBB"))

捕捉:パッケージのダウンロードの為の設定(オプション)

BioConductor のミラーサイトを統計数理研究所に設置してあります. マスターに比べて更新にタイムラグがありますが, 通常は問題無いでしょう.

R と BioCOnductorの対応表
R	BioConductor
R-devel	2.1
R-2.5.x	2.0
R-2.4.x	1.9
R-2.3.x	1.8

Macやその他のWindows以外の方は特に以下のようにミラーのreposを設定して頂ければ, 用意にインストール可能だと思われます.

R-2.5.x + BioConductor 2.0

SSOAPは0.4-3(2007-06-04現在)で動作を確認しました.

options(repos=c(CRAN="http://prs.ism.ac.jp/",
                CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin",
		Omegahat="http://prs.ism.ac.jp/omegahat/R",
                BioCsoft="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/bioc",
                BioCann="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/data/annotation",
                BioCexp="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/data/experiment",
                BioCextra="http://prs.ism.ac.jp/bioc/2.0/extra/"))

R-2.4.x + BioConductor 1.9

SSOAPは0.4-2(2007-06-04現在)で動作を確認しました.

options(repos=c(CRAN="http://prs.ism.ac.jp/",
		CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin",
		Omegahat="http://prs.ism.ac.jp/omegahat/R",
                BioC="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.9/bioc",
                BioCann="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.9/data/annotation",
                BioCexp="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.9/data/experiment",
                BioComega="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.9/omegahat/"))

R-2.3.x + BioConductor 1.8

options(repos=c(CRAN="http://prs.ism.ac.jp/",
		CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin",
		Omegahat="http://prs.ism.ac.jp/omegahat/R",
                BioC="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.8/bioc",
                BioCann="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.8/data/annotation",
                BioCexp="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.8/data/experiment",
                BioComega="http://prs.ism.ac.jp/bioc/1.8/omegahat/"))

外部プログラムのインストール(オプション:affylmGUI等を使いたい場合)

Active Tcl/TK: affylmGUI等のGUI(Tcl/Tk)を動かす場合(BWidget,TkTableが必要)にのみ必要です. ダウンロード時にメールアドレス等を聞かれますが,未入力でもダウンロード可能ですので個人情報が気になる方は未入力で ダウンロード頂けます. タウンロードは http://www.activestate.com/Products/ActiveTcl から辿れます.

Eiji Nakama

Last modified: Mon Jun 4 21:29:12 JST 2007